在使用X熒光光譜儀時，譜線干擾的來源基本就是兩個方面，儀器和樣品。屬于樣品中固有的干擾線除采用化學分離方法去除干擾元素外，有的也可以利用儀器方法來克服，或者進行數學上的校正。
1）激發源
對于X射線管說來，可以根據可能產生譜線干擾的來源，更換適當靶材的x射線管，選擇足以抑制干擾譜線出現的管壓，將樣品屏蔽到較小的區域以減少強大的原級標識光譜的散射等。若還不能有效地克服來自激發源的干擾時，有時也可以采用濾光片以消除干擾線，或者以原級束照射能夠產生波長略短于分析元素吸收限的次級靶，然后以次級靶作為試樣的激發源。
上面克服譜線干擾的各種方法，往往在不同程度上犧牲了分析線的強度，可是，由于消除或抑制了干擾線，與此同時也在大多數情況下抑制了散射線本底的強度，因而常常不會影響到測定的靈敏度。在波長色散法中，它的主要缺點是，為積累足夠大的計數，需要耗費較長的測量時間。在能量色散法中則不存在這個問題，而且靈敏度也很高。
2）分析晶體與光路
對一定結構的波長色散X射線光譜分析儀說來，可以通過選擇適當的分析晶體，以消除存在于樣品中干擾元素的偶數級反射線對分析線（或參比線）干擾。此外選擇分辨率高的分析晶體和準直器，有時也可以消除或減輕某些譜線的干擾。
其它的，在光路中可變的部件就是標本座、樣品的薄膜底座和x射線束衰減 （減光板）等。有時，還有可能用到濾光片，對于這些可變的部件，可以根據實際情況作出選擇，以便將譜線干擾限制在最低限度。
3）探測和測量系統
盡可能選擇有利工作條件，以減少或消除上述激發源和光學系統無法消除的干擾譜線。
一種X熒光光譜儀內部結構